Mộ Dung Thịnh sinh năm 373, là con của Mộ Dung Bảo và Đinh phu nhân, và có lẽ được sinh ra tại gần kinh thành Trường An của Tiền Tần do Mộ Dung Bảo lúc bấy giờ đang là một viên quan cấp thấp ở đó. Tư liệu lịch sử đầu tiên nói về ông là sự kiện diễn ra trong khoảng thời gian tết năm 385, khi đó hoàng đế Phù Kiên của Tiền Tần để đối phó với nỗ lực nổi dậy của Mộ Dung Vĩ (cựu hoàng đế Tiền Yên) đã ra lệnh giết chết toàn bộ người Tiên Ti tại Trường An. Ông nội của Mộ Dung Thịnh, tức Mộ Dung Thùy thì đã nổi dậy từ cuối năm 383 và lập nước Hậu Yên năm 384. Thúc phụ của Mộ Dung Thịnh là Mộ Dung Nhu (慕容柔) không bị giết do ông ta trước đó đã được hoạn quan Tống Nha (宋牙) nhận nuôi. Mộ Dung Nhu có lẽ đã bảo vệ cho Mộ Dung Thịnh và anh trai là Mộ Dung Hội, và ngay sau đó cả ba người đã chạy khỏi Trường An và tính cách lánh nạn ở chỗ một cựu thân vương Tiền Yên khác là Mộ Dung Xung, là một người anh em họ của Mộ Dung Thịnh, Mộ Dung Xung trước đó đã sẵn tiến hành một cuộc nổi loạn chống Tiền Tần ở gần Trường An.

Vào mùa xuân năm 385, khi nghe được tin Mộ Dung Vĩ bị giết, Mộ Dung Xung đã xưng đế và lập nước Tây Yên. Tuy nhiên, Mộ Dung Thịnh không ấn tượng với Mộ Dung Xung và đã bí mật kể với Mộ Dung Nhu rằng ông tin là Mộ Dung Xung rốt cuộc sẽ chẳng làm được điều gì. Suy nghĩ của ông có vẻ là chính xác, mặc dù Mộ Dung Xung đã chiếm được Trường An vào mùa hè năm 385 song người này lại không thể cai trị dân chúng một cách hiệu quả, và những người dân Tiên Ti của thì trở nên bực bội vì ông ta vẫn ở lại Trường An (do ông thích thành này và cũng do lo sợ Mộ Dung Thùy) thay vì đi về phía đông để trở lại quê hương. Vào mùa xuân năm 386, tướng Hàn Diên (韓延) đã ám sát Mộ Dung Xung. Quân Tây Yên sau đó đã bỏ Trường An và tiến về phía đông, hướng về đất tổ và trong hành trình này họ đã có tới hơn năm người lãnh đạo nối tiếp nhau (Đoàn Tùy, Mộ Dung Nghĩ, Mộ Dung Dao, Mộ Dung Trung và Mộ Dung Vĩnh) mỗi người chỉ nắm quyền trong khoảng một vài tháng. Chế độ Tây Yên ổn định dưới sự cai trị của Mộ Dung Vĩnh, người này đã định đô ở Trường Tử (長子, nay thuộc Trường Trị, Sơn Tây). Mộ Dung Thịnh, cùng với thúc phụ Mộ Dung Nhu và anh trai Mộ Dung Hội cũng định cư tại đó.

Tuy nhiên, vài tháng sau đó, vào mùa đông năm 386, Mộ Dung Thịnh đã cảnh báo Mộ Dung Nhu và Mộ Dung Hội rằng do họ là người thuộc gia tộc của Mộ Dung Thùy, nên Mộ Dung Vĩnh (một họ hàng xa) nghi ngờ họ. Theo đốc thúc của ông, ba người lại chạy đến Hậu Yên. Quan sát của ông rất chính xác vì chỉ một năm sau đó, Mộ Dung Vĩnh đã cho thảm sát tất cả hậu duệ của Mộ Dung Thùy và Mộ Dung Tuấn còn ở Tây Yên. Ba người đã mất vài tháng để đến được kinh thành Trung Sơn (中山, nay thuộc Bảo Định, Hà Bắc) của Hậu Yên. Mộ Dung Thùy rất hài lòng và đã tuyên bố đại xá để chào mừng. Khi Mộ Dung Thùy hỏi Mộ Dung Thịnh về tình hình tại Trường Tử, Mộ Dung Thịnh khi ấy mới 14 tuổi, đã kể với cha rằng Tiền Yên là một nước rối loạn và rằng một khi Mộ Dung Thùy có thể cai quản được Hậu Yên thì khi ông ta tấn công Tây Yên thì binh lính Tây Yên sẽ rời bỏ Mộ Dung Vĩnh. Mộ Dung Thùy lập Mộ Dung Thịnh làm Trường Lạc công.